เดิม วัดหัวเรือ  มีชื่อเรียกว่า  วัดมงกุฎนาวา สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๓๓๗   แต่พอเมื่อปี พ.ศ. ๒๓๔๗   ชาวบ้านหัวเรือ (คุ้มบ้านหลุ่ม) และบ้านยางเดี่ยว (คุ้มบ้านเหนือ)  ได้พากันสร้างวัดขึ้นใหม่ เพราะวัดเก่าชำรุดทรุดโทรมมาก ทั้งการเดินทางไปมาบำเพ็ญบุญของชาวบ้านคุ้มบ้านยางเดี่ยวที่แยกหมู่บ้านออกไปก็ยากลำบาก วัดมงกุฎนาวา จึงตั้งได้แค่ ๑๐ ปี ชาวบ้านจึงได้ร่วมกันย้ายที่ตั้งวัดมายังที่ตั้งใหม่ ทางด้านทิศเหนือของที่ตั้งวัดหัวเรือปัจจุบัน ประมาณ ๒๐๐ เมตร แต่สร้างได้แค่ ๓ ปี ก็จำต้องย้ายที่ตั้งวัดใหม่อีกที เพราะเป็นป่าดงที่มียุงชุกชุมทำให้เกิดโรคไข้มาลาเรีย และชาวบ้านมีความเชื่อกันว่าที่ตรงนั้นเจ้าที่แรง ผีป่าหวงที่ตรงนั้น เชื่อว่าผีทำเข็ญ ทั้งยังไม่ได้ตั้งชื่อวัดใหม่จึงจำต้องย้ายไป
            ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๓๕๐ หลังจากตั้งหมู่บ้านหัวเรือได้ประมาณ ๒๐ ปี จึงได้ย้ายวัดจากป่าดงที่มียุงชุม ลงมาทางใต้ ๒๐๐ เมตร คือที่ตั้งวัดหัวเรือปัจจุบัน และไม่ได้มีการย้ายวัดอีก เดิมตั้งชื่อวัดว่า วัดป่าสัฏวัล แต่ชาวบ้านเคยชินกับชื่อวัดเก่า จึงเรียกกันว่า วัดมงกุฎนาวา ในกาลต่อมาชาวบ้านนิยมเรียกชื่อวัดตามชื่อหมู่บ้าน ว่า วัดบ้านหัวเรือ เพราะเหตุนั้นวัดจึงได้ชื่อว่า วัดบ้านหัวเรือ มาจนตราบเท่าทุกวันนี้ นับจากปีที่เริ่มตั้งเริ่มสร้างวัดเมื่อปี พ.ศ. ๒๓๓๗ จนถึงปัจจุบันปี พ.ศ. ๒๕๖๕ วัดหัวเรือมีอายุได้ ๒๒๘ ปีแล้ว ดังนั้นวัดหัวเรือจึงนับได้ว่าเป็นวัดเก่าแก่อีกวัดหนึ่งในจังหวัดอุบลราชธานี
            วัดหัวเรือ มีสมภารหรือเจ้าอาวาสปกครองคณะสงฆ์สืบต่อกันมา ๑๔ รูป ดังนี้
  ๑. ชื่อ หลวงปู่เพียโคตร              (พ่อเฒ่าเพียโคตร) 
  ๒. ชื่อ หลวงพ่อพรมมา              (พ่อจารย์พรมมา)  
  ๓. ชื่อ หลวงพ่ออินทร์                (จารย์ครูอินทร์)    
  ๔. ชื่อ หลวงปู่ชัยมงคล              (พ่อเฒ่าชัยมงคล) 
  ๕. ชื่อ ญาถ่านด่าง                    (ญาครูสุวรรณ)     
  ๖. ชื่อ หลวงปู่มี                        (พ่อเฒ่าจารย์ชามี)            
  ๗. ชื่อ หลวงพ่อสี                      (จารย์ครูสี)                          
  ๘. ชื่อ หลวงพ่อลุน                    (จารย์ครูลุน)            
  ๙. ชื่อ หลวงพ่อเสนเสน             (จารย์ชาเสน)            
๑๐. ชื่อ หลวงพ่อแก้ว                  (จารย์ครูแก้ว)           
๑๑. ชื่อ สมภารคำภา                  (ญาถ่านเส้ว)             
๑๒. ชื่อ พระครูสาสนกิจจาทร  (ญาถ่านทอง)    ฉายา    สุวณฺโณ     ดำรงตำแหน่งเมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๒
๑๓. ชื่อ พระครูวรกิจสุนทร           (ญาถ่านสี)      ฉายา    ฐานวโร     ดำรงตำแหน่งเมื่อ พ.ศ. ๒๕๒๓
๑๔. ชื่อ เจ้าอธิการไพฑูรย์            (ญาถ่านฑูรย์)  ฉายา    กิตฺติสาโร ดำรงตำแหน่งเมื่อ พ.ศ. ๒๕๓๘
๑๕. เจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน ชื่อ พระครูสุกิจชัยโสภณ  (ฉัตรชัย)   ฉายา  เมตฺธิโก     ดำรงตำแหน่งเมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๕
            สันนิษฐานว่าที่ใช้คำเรียกหา ว่า  พ่อเฒ่า, พ่อจารย์, จารย์ครู, จารย์ชา, นำหน้าหมายถึง ได้ลาสิกขาจากเพศสมณะไป แต่เพราะเคยเป็นเจ้าอาวาสปกครองคณะสงฆ์ผ่านพิธีการฮดสรง (พิธีกองฮดสรงเพื่อยกระดับสมณศักดิ์ในการยกย่องสรรเสริญคุณงามความดีตามฮีตโบราณเล่าขานมา) ชาวบ้านผู้เฒ่าผู้แก่จึงได้ให้สมญานามดังที่กล่าวแล้ว

Google Map Link
กดดู